Abre el camino al Naturalismo con La desheredada (1881), la primera de sus novelas contemporáneas a la que le seguirán El doctor centeno (1883), Tormento (1884) y La de Bringas (1884). El amigo manso (1882) es una de las creaciones más originales de Galdós. Lo prohibido (1884-85) es la novela galdosiana más impregnada de Naturalismo.
Fortunata y Jacinta de 1886-7 es un vasto mural donde la historia, la sociedad y el perfil urbano de Madrid sirven de fondo a un argumento que presenta a dos jóvenes enamoradas del mismo hombre.
En 1873 aparecieron las dos primeras series de los Episodios Nacionales. Al final de la década de los 80 y a comienzos de la siguiente publica Miau (1888), La incógnita (1889), Torquemada en la hoguera (1889), Realidad también en 1889 y Ángel Guerra de 1891, en donde experimenta una nueva manera de novelar. Los problemas éticos aparecen en Tristana (1892),Nazarín (1895), Halma (1895) y Misericordia (1897). Frecuentemente (como en Nazarín o Misericordia), sus novelas parecen recordar a Dostoievski.
Su penetración psicológica ha sido igualada pocas veces. Entre sus características más definidas se cuentan un estilo personal vigoroso y muy marcado; un gran conocimiento de la locura y la esquizofrenia (no hay que olvidar su interés por Don Quijote) raramente preciso; un efectivo y sistemático manejo del simbolismo (evocador de su propia desilusión por la debilidad de España) y una conmovedora lástima por la gente que pretende elevarse de la bondad a la santidad.